Como organización de los regantes del Valle del Huasco y sus valles afluentes la Junta de Vigilancia es la sucesora legal de de la Asociación de Canalistas del Río Huasco y sus Afluentes. La organización se constituyó originalmente bajo los preceptos de la Ley Nº 2.139, de fecha 9 de noviembre de 1908. Sin embargo, y en carácter formal la Asociación de Canalistas se constituyó mediante escritura pública con fecha 17 de septiembre de 1927. Esta constitución y sus estatutos recibieron el reconocimiento oficial del Estado de Chile mediante el Decreto Supremo Nº 1.059 del Ministerio de Justicia, del 31 de marzo de 1928, publicado en el Diario Oficial Nº 15.098, el 14 de junio de 1928.
A través del Decreto Supremo Nº 4.798, del Ministerio de Justicia, de fecha 30 de noviembre de 1948, se dio por aprobada la primera reforma a los estatutos originales de la Asociación de Canalistas, decreto que fue publicado en el Diario Oficial Nº 21.231, del 18 de diciembre de 1948. Posteriormente el año 1951, la organización fue autorizada para funcionar como Junta de Vigilancia en carácter provisional.
En consideración a que la Ley Nº 2.139 no distinguía entre organizaciones de usuarios con jurisdicción sobre cauces naturales y sobre cauces artificiales, y que esta separación sólo ocurrió a partir de la entrada en vigencia del Código de Aguas de 1981 y del Reglamento sobre Registros de Organizaciones de Usuarios de 1983; y que no obstante la denominación de Asociación de Canalistas, la jurisdicción de la organización sólo comprendía el cauce natural del Río Huasco y sus Afluentes, sin incluir a los cauces artificiales o canales que extraían aguas del mismo, es que se hizo necesario formalizar la denominación de la Asociación como Junta de Vigilancia en carácter definitivo.
Mediante asamblea extraordinaria de la Asociación de Canalistas del Río Huasco y sus Afluentes, realizada el 14 de agosto de 2004, se dio por aprobada la última modificación a los estatutos de la organización, consolidándose el proceso de regularización de la Junta de Vigilancia en carácter definitivo.
Finalmente, y a través de la Resolución Exenta Nº 555 de la Dirección General de Aguas, con fecha 28 de abril de 2005, se procedió a ordenar el registro de la Junta de Vigilancia de la Cuenca del Río Huasco y sus Afluentes, quedando anotada a fojas 39, de fecha 2 de mayo de 2005, en el Libro Primero del Registro de Juntas de Vigilancia.
